リアル(実在)店舗・自動販売機などで利用する方法と、インターネットショッピングやMoraをはじめとするコンテンツ販売などのサイバー(仮想)店舗で、クレジットカードを用いない安全な決済方法として利用されている。 リアル店舗で用いる場合は、利用時に店員に「Edyで」払う旨を伝え、機器を操作すると、POSレジまたは決済端末の表示に引き去り金額が出るので、リーダ・ライタ部にEdyをかざせば完了である。(「シャリーン♪」という効果音が鳴る機器もある) Edyバリュー残高が不足する場合は基本的に不足分を現金で支払うか、複数のEdy(合計5枚まで)を用いて残金を充当することが可能である。 自動販売機の場合も同じくリーダ・ライタ部に金額が表示されるので、Edyをかざせば完了であるが、残高が不足した場合、現金や複数枚のEdy併用が出来ない機器があるので注意する必要がある。 サイバー店舗の場合、Edy決済を指定するとパソコンの場合自動的にEdy Viewerが起動し、決済金額の画面が出るので、PaSoRiを接続しEdyをリーダ・ライタに置けば決済される。携帯電話サイトの場合はEdyアプリが起動し、同様に決済画面が現れ、OKすると決済される。バリュー残高が不足する場合はクレジットカードなど他の決済手段との併用が出来ず、取引を中断して所要額以上のバリューをチャージする必要があるため、高額決済には向かない。(もともとサイバー決済はeLIO決済を転向したものである。)